北京协和医学院，肿瘤医学博士曾维根医生说：“有时候，炎症反应也会导致癌胚抗原升高。所以，如果癌胚抗原轻度升高，也不一定是癌症，有可能是结肠炎，慢性胃炎，肺炎等等，需要做一系列的检查，用来明确诊断。”
因此，肿瘤标志物升高，除了有可能是肿瘤造成的，也有可能是由非肿瘤性的原因导致的，常见的非肿瘤性原因比如：
甲胎蛋白（AFP）升高
        妊娠状态、婴幼儿、遗传性酪氨酸增多症患者、共济失调毛细血管扩张症患者等都会出现AFP明显增高。急慢性肝炎、酒精滥用、部分中药等导致肝脏损伤的患者AFP也会高。
癌胚抗原（CEA）升高
        吸烟人群CEA经常会稍有升高。另外一些良性疾病，如胰腺炎、卵巢或阑尾的黏液囊腺瘤、直肠息肉、溃疡性结肠炎、胃炎、消化性溃疡病、憩室炎、肝病、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、糖尿病等各种急慢性炎症状态，也可导致CEA轻到中度升高。
癌抗原125（CA125）升高
        子宫内膜异位症、盆腔炎症、卵巢囊肿、胰腺炎、肝炎、肝硬化，甚至是怀孕早期，CA125也会升高。
糖抗原19-9（CA19-9）升高
        胰腺炎、胆管炎、胆汁淤积、粘液囊肿、支气管扩张症患者，也可出现CA19-9升高。
鳞状细胞癌抗原（SCC）升高
        肝炎、肝硬化、肺炎、肾功能衰竭、结核及脚气和皮癣等皮肤疾病，SCC可有一定程度升高。
        因此肿瘤标志物的升高只是对于可疑肿瘤的一种提示，至于具体是否真的是由于患有肿瘤才导致的标志物升高需要进一步检查及综合分析。如果是多个肿瘤标志物升高或某个肿瘤标记物升高许多倍，那么更需引起重视，尽早筛查肿瘤。
        在选择体检机构时，建议到正规三甲医院去做。一些私立的体检机构仪器设备不同，检验科的任职人员专业水准参差不齐，导致检出的结果，是不具备临床诊断参考价值的。而专业医生通常只建议，除了肝癌和前列腺癌等少数几种肿瘤，可以使用肿瘤标志物来筛查，其他大部分肿瘤，肿瘤标志物并不能早期发现肿瘤。